Nguyên thủy gốc tích làng Hành Thiện xuất phát từ ấp Hộ Xá, làng Giao Thủy, huyện Hải Thanh (sau được nâng thành phủ). Làng Giao Thủy, có tên Nôm là làng Keo, là một làng cổ có từ trước thế kỷ thứ X, vị trí được cho là thuộc xã Hộ Xá, huyện Giao Thủy, Nam Định ngày nay. Thiền sư Dương Không Lộ là người làng, được nhà Lý phong đến bậc Quốc sư, vào năm 1061 thời Lý Thánh Tông đã cho dựng ở ven sông Hồng ngôi chùa Nghiêm Quang tự, chính là tiền thân của chùa Keo ở Hành Thiện (Nam Định) và chùa Keo ở Dũng Nhuệ (Thái Bình) ngày nay.

Cuối đời Lý, phần đất của ấp Hộ Xá bị sạt lở. Một bộ phận dân cư của làng Giao Thủy di cư đến phía Nam vùng Lạc Quần, lập thành làng Hộ Xá (sau đổi thành Nghĩa Xá), thuộc phủ Hải Thanh (nay thuộc huyện Nam Trực, Nam Định). Cả hai làng cùng thờ phụng chung một ngôi chùa Keo (bấy giờ tên chữ được đổi thành Thần Quang tự). Thời nhà Trần, phủ Hải Thanh được đổi thành phủ Thiên Trường. Gần làng Nghĩa Xá có một vườn kim quất (cam ngọt), được các vua nhà Trần thường hay đến chơi, nên lập thành một trang ấp có tên là Hành Cung Trang.

Năm 1611, nước sông Hồng lên to, làm ngập làng Giao Thủy, gây sạt lở cả làng Nghĩa Xá. Dân làng Nghĩa Xá di dời vào định cư tại trang Hành Cung cũ, bờ ở hữu ngạn sông Hồng. Dân làng Giao Thủy định cư ở bờ tả ngạn, chếch về phía Tây Bắc, lập thành trang Dũng Nhuệ. Các dân làng cũng cho xây dựng các chùa Keo mới tại gần trang ấp định cư, từ đó hình thành tên gọi làng Keo Thượng (hay Keo Trên) để chỉ trang Dũng Nhuệ và làng Keo Hạ (hay Keo Dưới) để chỉ trang Hành Cung. Trang Dũng Nhuệ, đến thời Tự Đức được đổi tên thành xã Dũng Nghĩa, thuộc phủ Thái Bình, tỉnh Nam Định (nay thuộc huyện Vũ Thư, Thái Bình). Còn trang Hành Cung từ năm Minh Mạng thứ tư (1823) đã được đổi thành xã Hành Thiện, thuộc phủ Xuân Trường, tỉnh Nam Định.[1]